关于执行中双方做出结案笔录但申请人后来否认，能否恢复执行的问题，分析如下：

1. 结案笔录的法律效力：

   • 结案笔录是执行程序中双方当事人就案件执行情况达成一致意见并记录在案的法律文书。它通常标志着执行程序的阶段性结束或全部结束，具有法律上的证明力。
   • 一旦结案笔录形成并经双方当事人签字确认，除非存在法定撤销或无效情形，否则其法律效力应当得到尊重。

2. 申请人否认结案笔录的法律后果：

   • 申请人后来否认结案笔录，并不直接导致结案笔录的无效或撤销。结案笔录的效力取决于其形成过程是否合法、内容是否真实以及是否存在法定撤销或无效情形。
   • 如果申请人仅凭单方面否认，而无法提供充分证据证明结案笔录存在违法、虚假或可撤销的情形，那么其否认行为通常不会影响结案笔录的法律效力。

3. 能否恢复执行的分析：

   • 一般情况下不能恢复执行：在结案笔录合法有效且未被撤销或宣告无效的情况下，执行程序已经按照结案笔录的内容结束，申请人不能仅凭否认结案笔录就要求恢复执行。
   • 特殊情况下可能恢复执行：如果申请人能够提供充分证据证明结案笔录存在违法、虚假或可撤销的情形（如存在欺诈、胁迫等），并且这些情形足以影响执行程序的公正性和合法性，那么申请人可以向执行法院提出申请，要求撤销结案笔录并恢复执行。但这种情况较为特殊，需要具体案件具体分析。

4. 法律建议：

   • 对于申请人而言，如果确实对结案笔录有异议，应当及时收集并保存相关证据，以便在必要时向执行法院提出申请或进行诉讼。
   • 对于执行法院而言，应当严格审查结案笔录的形成过程和内容，确保其合法性和真实性。如果发现结案笔录存在违法、虚假或可撤销的情形，应当及时依法处理。

综上所述，在一般情况下，申请人不能仅凭否认结案笔录就要求恢复执行。但如果申请人能够提供充分证据证明结案笔录存在违法、虚假或可撤销的情形，并且这些情形足以影响执行程序的公正性和合法性，那么其申请恢复执行的可能性将增大。如有具体法律问题或需要进一步咨询，请直接向我提问。