关于您提出的“公司与镇政府签订的土地协议是否有效”的问题，这确实是一个涉及法律层面且需要细致分析的情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，要判断公司与镇政府签订的土地协议是否有效，我们需要从几个关键方面进行考量：
征收主体合法性：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，征收土地的主体通常应为县级以上人民政府及其相关部门。然而，如果镇政府具有相应的征地职权，或者它是受县级以上人民政府的委托，并在其授权范围内开展征地工作，那么镇政府作为签订土地协议的主体就是合法的。
征收程序合规性：
- 征地过程必须严格遵循法定程序。这包括发布征地公告、进行土地现状调查、组织听证会、与被征地方（在此为公司）协商补偿安置方案等。每一步程序都应依法依规进行，以确保被征地方的知情权、参与权等得到充分保障。如果程序存在瑕疵或未完全履行，可能会影响协议的有效性。
补偿合理性：
- 土地协议中约定的补偿标准必须合理、公平，且通常不得低于当地省级政府制定的标准。补偿方式也应多样化，以满足被征地方的不同需求。如果补偿标准明显偏低或补偿方式不合理，可能会引发对协议有效性的质疑。
双方真实意愿：
- 土地协议必须是双方基于平等、自愿原则签订的，不存在欺诈、胁迫等违法情形。双方应充分协商，确保协议内容真实、合法、有效。如果协议是在非自愿或受到不当影响的情况下签订的，那么其有效性可能会受到挑战。
接下来，我们还需要考虑可能导致土地协议无效的一些情形：
- 超越职权：如果镇政府未获得征地及签订协议的权力，却擅自与公司签订了土地协议，那么该协议可能因主体不具有相应职权而无效。
- 程序违法：如果征地程序未完全履行或存在瑕疵，如未进行公告、未对被征地方进行补偿安置就直接签订协议，那么协议可能因程序违法而无效。
- 内容违法：如果协议内容违反法律的强制性规定，如补偿标准远低于法定标准，严重损害被征地方的利益，或安置方案不具有可操作性，那么协议可能被判定无效。
- 非真实意愿：如果一方以欺诈、胁迫等手段迫使对方签订协议，那么该协议将被视为无效。
针对您的情况，我建议您采取以下措施：
- 审慎审查协议：在签订土地协议前，公司应仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律法规的规定。如有必要，可咨询法律专业人士的意见。
- 保留相关证据：在征地过程中，公司应妥善保留所有相关证据，如公告、听证记录、补偿协议等。这些证据将在发生争议时成为维护自身权益的重要依据。
- 及时寻求法律救济：如果公司认为土地协议存在违法或不合理之处，应及时通过申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，公司与镇政府签订的土地协议是否有效，需要综合考虑多个因素。只有在确保所有条件都满足的情况下，才能认定土地协议具有法律效力。因此，公司在签订协议前应充分了解相关法律法规和政策规定，并谨慎对待每一个细节问题。