针对您提出的“三层不能确权怎么处理”的问题，这确实是一个涉及不动产确权登记的复杂情况。不动产确权登记过程中，可能会遇到各种历史遗留问题或手续不全的情况，导致部分建筑无法顺利确权。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，不动产确权登记是一个严谨且需要遵循一定程序的过程。对于三层建筑不能确权的情况，通常可能涉及以下几个方面的问题：
规划与建设手续：
- 如果三层建筑是在没有取得相应规划许可或建设手续的情况下建设的，那么这可能会成为确权登记的障碍。
- 在这种情况下，您需要按照“缺什么补什么”的原则，尽快完善相关规划调整或用地手续。这可能包括向相关部门申请补办规划许可、建设手续等。
土地来源与权属：
- 土地来源的合法性以及权属的清晰性也是确权登记的关键。如果土地来源存在争议或权属不明确，那么这将影响确权登记的进行。
- 您需要提供充分的证据来证明土地来源的合法性以及权属的清晰性。如果存在争议，可能需要通过法律途径来解决。
政策与法规的遵循：
- 不同地区可能有不同的政策和法规来规范不动产确权登记。您需要了解并遵循当地的相关政策和法规。
- 如果您的建筑不符合当地的规划或建设标准，那么您可能需要按照相关规定进行整改或调整，以满足确权登记的条件。
针对您的情况，我建议您采取以下步骤来处理：
- 咨询当地相关部门：首先，您可以咨询当地的不动产登记中心或规划部门，了解具体的确权登记流程和要求。他们可以为您提供更详细的指导和帮助。
- 收集并整理相关证据：您需要收集并整理与建筑相关的所有证据，包括土地来源证明、建设手续、规划许可等。这些证据将有助于证明您的建筑的合法性和权属的清晰性。
- 按照要求完善手续：如果发现存在手续不全或不符合规划要求的情况，您需要按照相关部门的要求尽快完善手续或进行整改。
- 寻求法律帮助：如果存在权属争议或法律纠纷，您可以考虑寻求法律帮助来解决问题。专业的律师可以为您提供更具体的法律建议和解决方案。
总之，处理三层不能确权的问题需要您耐心、细致地了解并遵循当地的相关政策和法规，同时积极与相关部门沟通并完善相关手续。希望这些建议能对您有所帮助。