结论前置：未办理竣工验收手续但工程已经投入使用，在法律上并不能直接视为竣工验收合格。然而，在特定情况下，发包人擅自使用未经竣工验收的工程后，对于一般质量问题可能无法再向承包人主张权利，这在一定程度上产生了类似验收合格的法律效果，但严格来说并不等同于正式的验收合格。
详细分析：
法律规定与原则：
- 根据《建设工程质量管理条例》和《中华人民共和国建筑法》的相关规定，建设工程必须经过竣工验收合格后才能交付使用。未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。这意味着，即使工程已经投入使用，如果没有经过正式的竣工验收手续，那么在法律上仍然不能视为竣工验收合格。
擅自使用的法律后果：
- 如果发包人未经竣工验收就擅自使用工程，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》的规定，对于使用过程中发现的一般质量问题（如墙面裂缝等），法院通常不会支持其以质量不符合约定为由要求承包人承担责任。这一规定旨在保护承包人的合法权益，避免发包人因自身行为导致的问题而转嫁责任。但需要注意的是，这一规定有严格的限制条件，且承包人对地基基础工程和主体结构质量在合理使用寿命内仍需承担民事责任。
验收合格的标准与程序：
- 验收合格必须符合法律规定的竣工验收标准，包括完成建设工程设计和合同约定的各项内容、有完整的技术档案和施工管理资料、有工程使用的主要建筑材料、建筑构配件和设备的进场试验报告、有勘察、设计、施工、工程监理等单位分别签署的质量合格文件以及有施工单位签署的工程保修书等。这些条件都是必须满足的，才能视为工程竣工验收合格。
法律责任与救济途径：
- 如果因未竣工验收而入住导致权益受到侵害，发包人可以根据双方合同的约定，要求开发商承担相应的违约责任。同时，在任何情况下，承包人都应对地基基础工程和主体结构质量负责，并在合理使用寿命内承担相应责任。如果因未验收合格而入住导致权益受损，发包人可以依法追究开发商的违约责任，包括要求赔偿损失、支付违约金等。
法律建议：
- 对于发包人而言，应严格遵守法律规定，在工程竣工后及时组织竣工验收手续，确保工程符合验收标准后再投入使用。如果因特殊情况需要提前使用工程，应与承包人协商一致，并明确双方的权利和义务。
- 对于承包人而言，应确保工程质量符合约定和法律规定，在竣工验收前不得擅自交付工程。如果因发包人擅自使用工程导致的问题，承包人可以在合理范围内主张免责，但对于地基基础工程和主体结构质量仍需承担民事责任。
总结：未办理竣工验收手续但工程已经投入使用，在法律上并不能直接视为竣工验收合格。然而，在特定情况下，发包人擅自使用未经竣工验收的工程后可能产生类似验收合格的法律效果，但严格来说并不等同于正式的验收合格。因此，双方应严格遵守法律规定和合同约定，确保工程质量和双方权益。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。