核心前提：用户与其哥哥决定进行房屋份额的转让，且房产证上已有用户的名字，用户考虑使用其母亲的银行账户进行款项支付。
结论：
从法律合规性角度：
- 使用母亲的银行账户进行房屋份额转让的款项支付，在法律上并不直接构成违法，但可能引发一系列后续问题。关键在于，这种支付方式需要确保所有相关方（包括用户、其哥哥以及母亲）都明确知晓并同意这一安排，且该安排不会损害任何一方的合法权益。
- 然而，从税务和财务透明度的角度来看，使用非交易双方的银行账户进行款项支付可能会引起税务机关或相关监管部门的关注，尤其是当这种支付方式被用于规避税收或其他法律义务时。
从实际操作和风险角度：
- 使用母亲的银行账户支付可能增加交易的风险和复杂性。例如，如果未来出现纠纷，可能需要证明该款项确实是用作房屋份额转让的支付，而非其他用途。
- 此外，如果母亲不是交易的一方，且没有直接参与或了解交易的具体情况，那么她的银行账户被用于此类交易可能会给她带来不必要的法律风险和财务责任。
建议：
- 最稳妥和合规的方式是使用用户自己的银行账户进行款项支付。如果用户担心资金安全或其他问题，可以考虑通过银行转账、第三方支付平台等安全、合规的方式进行支付。
- 如果确实需要使用母亲的银行账户进行支付，建议事先与母亲沟通并取得她的明确同意，同时保留好所有相关的交易记录和凭证，以备未来可能出现的纠纷或审查。
综上所述，虽然从法律上讲使用母亲的银行账户进行房屋份额转让的款项支付并不直接违法，但考虑到实际操作的风险和复杂性，以及税务和财务透明度的要求，建议用户使用自己的银行账户进行支付。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。