从违法所得款中扣除工资以缴纳相关款项是否违规，需分情况讨论：

1. 若该扣除行为有法律依据或合同约定：

   • 在某些特定情况下，如员工因违法行为导致公司遭受损失，且公司规章制度或劳动合同中明确规定了从工资中扣除相应款项以赔偿损失的条款，同时该扣除行为不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，扣除的金额也通常受到一定限制，比如不能超过员工当月工资的一定比例（具体比例需参照当地劳动法规），且扣除后员工的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 若违法所得款与员工工资无直接关联，但公司或相关机构依据法律法规（如税务、刑事处罚等）有权从员工财产中追缴违法所得，且该追缴行为不直接通过工资扣除实现，而是通过其他合法途径（如法院执行、税务稽查等），则这种追缴行为本身不构成违规。但若公司试图通过工资扣除来间接实现追缴目的，且没有法律依据或合同约定支持，则可能构成违规。

2. 若该扣除行为无法律依据或合同约定：

   • 在没有法律依据或合同约定的情况下，公司或相关机构擅自从员工工资中扣除款项以缴纳违法所得款，显然是违规的。这种行为侵犯了员工的财产权，违反了劳动法律法规中关于工资支付和保护的规定。
   • 员工有权拒绝这种无依据的扣除，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

法律建议：

• 对于公司而言，在处理员工违法所得款问题时，应严格遵守法律法规，确保所有扣除行为都有明确的法律依据或合同约定。同时，应尊重员工的财产权，避免擅自扣除员工工资。
• 对于员工而言，若遇到公司擅自扣除工资以缴纳违法所得款的情况，应首先与公司沟通，了解扣除的具体原因和依据。若沟通无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 若公司擅自扣除员工工资以缴纳违法所得款，且该行为被认定为违规，公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，员工也有权要求公司补发被扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。

综上所述，从违法所得款中扣除工资以缴纳相关款项是否违规，需根据具体情况进行判断。若您遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。