针对您提出的“施工单位不配合竣工验收的如何赔偿”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，我们要明确的是，施工方在建筑工程竣工验收过程中是有配合义务的。根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，建设工程竣工验收由建设单位负责组织实施，而施工单位等相关单位则应予以配合。如果建筑工程合同中明确要求施工方配合验收工作，那么施工方就必须履行这一义务。
当施工方不配合竣工验收时，建设单位有权要求其赔偿损失。这种赔偿可能涉及多个方面：
工期延误损失：由于施工方的不配合，可能导致验收工作延迟，进而影响到整个工程的交付使用。这可能会给建设单位带来对第三方（如租户、业主）的违约赔偿、额外场地租赁费用或设备闲置费用等损失。这些损失，建设单位都可以向施工方提出索赔。
额外费用支出：为了推动验收工作的顺利进行，建设单位可能需要聘请其他专业机构进行评估或增加沟通协调成本。这些额外支出的费用，如评估费、咨询费等，也可以要求施工方进行赔偿。
资金占用损失：由于验收工作的延迟，建设单位的资金可能会被长期占用。这种情况下，建设单位可以按照市场贷款利率计算资金占用期间的利息损失，并向施工方主张赔偿。
在实际操作中，建设单位应该注意以下几点：
合同条款明确：在签订施工合同时，建设单位应该明确约定双方在竣工验收环节的权利义务以及违约责任。这样，在后续出现争议时，就有明确的法律依据可以遵循。
证据收集与保留：在施工过程中，建设单位应该注意收集和保留与工程验收相关的证据。比如沟通记录、通知文件、邮件往来等，这些都可以作为证明施工方不配合验收的事实及造成的损失金额的依据。
法律途径维权：如果施工方拒不配合验收且协商无果，建设单位应该及时通过法律途径维护自身权益。比如向法院提起诉讼或申请仲裁等，这些都是有效的维权方式。
综上所述，当施工单位不配合竣工验收时，建设单位有权要求其赔偿损失。但为了确保索赔的成功，建设单位需要确保合同条款明确、证据充分，并通过合法途径维护自身权益。