行政判决撤销的通常是登记行为，而非证书本身。具体分析如下：
一. 行政判决的撤销对象
- 行政行为：在行政法中，行政判决主要针对的是行政行为，即行政机关在行使行政职权过程中所作出的具有法律效力的行为。这些行为包括但不限于许可、处罚、强制、登记等。
- 登记行为的性质：登记行为是行政机关根据申请人的申请，对特定事项进行记录、确认并予以公开的行为。它具有一定的法律效力，能够产生、变更或消灭行政法律关系。
- 证书的地位：证书通常是登记行为的证明或结果，它本身并不构成行政行为。证书只是登记行为的一种表现形式，用于证明登记行为的存在和内容。
二. 撤销登记行为的影响
- 法律效力的消除：一旦登记行为被撤销，其法律效力将随之消除。这意味着基于该登记行为所产生的权利、义务或法律关系也将不复存在。
- 证书的处理：虽然判决撤销的是登记行为，但证书作为登记行为的证明，其有效性也会受到质疑。在实践中，通常会要求行政机关收回或注销被撤销登记行为所对应的证书。
三. 实例说明
- 例如，某公司向工商行政部门申请注册登记，并取得了营业执照。后来，因注册登记过程中存在违法行为，行政判决撤销了该注册登记行为。这意味着该公司的注册登记被撤销，其营业执照也失去了法律效力，工商行政部门通常会要求该公司交回或注销营业执照。
综上所述，行政判决撤销的通常是登记行为，而非证书本身。但撤销登记行为后，与登记行为相对应的证书也会失去其法律效力。如有进一步需要，您可以继续咨询我。