针对您提出的关于原国土部关于查处土地违法行为如何适用《土地管理法》有关问题的通知以及行政处罚的问题，我将为您详细解答。

首先，关于原国土部（现自然资源部）发布的关于查处土地违法行为如何适用《土地管理法》有关问题的通知，该通知主要明确了在新修订的《中华人民共和国土地管理法》（以下简称新法）实施后，对于新法实施前发生的土地违法行为应如何处理的原则。具体来说：

1. 新法实施前发生的土地违法行为：

   • 如果根据原土地管理法规定不构成土地违法行为，但根据新法规定构成土地违法行为的，适用原土地管理法。
   • 如果根据原土地管理法规定构成土地违法行为，但根据新法规定不构成土地违法行为的，适用新法。
   • 如果根据原土地管理法和新法的规定，均构成土地违法行为的，适用处罚较轻的法律。

2. 新法实施前发生的非法占地行为：

   • 如果在新法实施后继续在非法占用的土地上构筑建筑物和其他设施的，将依照新法处理。

3. 新法实施后发生的土地违法行为：

   • 一律依照新法处理。

此外，该通知还提到，新修订的《土地管理法实施条例》和《基本农田保护条例》与原条例的适用问题，也参照上述原则执行。

接下来，关于行政处罚的依据，查处国土资源违法案件时，主要依据的法律法规包括但不限于：

• 《中华人民共和国土地管理法》
• 《中华人民共和国土地管理法实施条例》
• 《基本农田保护条例》
• 《中华人民共和国城市房地产管理法》
• 《关于违反土地管理规定行为行政处分暂行办法》
• 《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》
• 《中华人民共和国刑法》中关于土地犯罪的相关条款
• 《中华人民共和国行政处罚法》

以及其他相关的地方性法规、规章和司法解释等。这些法律法规共同构成了查处土地违法行为和进行行政处罚的法律依据。

综上所述，原国土部（现自然资源部）的通知明确了新法实施前后土地违法行为的法律适用原则，而行政处罚则依据一系列相关的法律法规进行。希望这些解答能够帮助您更好地理解相关问题。