针对您提出的“自然资源部土地违法案件行政处罚依据”问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

自然资源部在处理土地违法案件时，主要依据《土地管理法》及其相关实施条例，以及其他相关法律法规进行行政处罚。以下是一些主要的行政处罚依据及对应的处罚内容：

1. 土地违法案件查处：

   • 依据：《土地管理法》第七十三条、《土地管理法实施条例》第三十八条。
   • 处罚内容：对于违反土地利用总体规划的，拆除违法建筑物，恢复土地原状；对于符合土地利用总体规划的，没收建筑物，并可以并处非法所得50%以下的罚款。

2. 非法占用耕地：

   • 依据：《土地管理法》第七十四条、《土地管理法实施条例》第四十条。
   • 处罚内容：责令限期改正或治理，并可并处耕地开垦费2倍以下的罚款。

3. 拒不履行复垦义务：

   • 依据：《土地管理法》第七十五条、《土地管理法实施条例》第四十一条。
   • 处罚内容：责令限期改正，逾期不改正的，责令缴纳复垦费，并可处土地复垦费2倍以下的罚款。

4. 未经批准或骗取批准占用土地：

   • 依据：《土地管理法》第七十六条、《土地管理法实施条例》第四十二条。
   • 处罚内容：对于违反土地利用总体规划的，限期拆除建筑物，责令退还土地；对于符合土地利用总体规划的，没收建筑物并可以处非法占用土地每平方米30元以下罚款。

5. 农村村民未经批准或骗取批准建住宅：

   • 依据：《土地管理法》第七十七条。
   • 处罚内容：责令退还土地，限期拆除房屋。

6. 非法批准占地：

   • 依据：《土地管理法》第七十八条。
   • 处罚内容：批准文件无效，收回非法批准的土地。

7. 当事人拒不交出依法收回国有土地、临时使用土地期满不归还、不按批准用途使用国有土地：

   • 依据：《土地管理法》第八十条、《土地管理法实施条例》第四十三条。
   • 处罚内容：责令交还土地，处以非法占用土地每平方米10元以上30元以下罚款。

此外，还有针对在临时用地上建永久性建、构筑物，采取非法手段骗取土地登记、获取土地权属证书，违反土地利用总体规划、非法占用建设用地或未利用地，未经批准转让、出租土地使用权，农村村民建新房后不拆旧房，擅自出让、转让、出租集体土地，非法转让、出让土地使用权，未按出让合同规定开发、利用土地等违法行为的处罚依据和处罚内容。

在查处时限方面，根据《自然资源行政处罚办法》和《行政处罚法》的相关规定，自然资源主管部门应当自立案之日起六十日内作出行政处罚决定，案情复杂不能在规定期限内作出决定的，可以适当延长，但延长期限不得超过三十日。同时，对于违法行为在二年内未被发现的，一般不再给予行政处罚，但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。