按当时政策补缴土地出让金是否合法，需结合具体情况判断，但通常在符合政策规定和法定程序的前提下是合法的。以下从不同角度进行分析：

1. 政策依据与合法性：

   • 如果补缴土地出让金的行为是基于当时有效的政策规定，并且该政策明确规定了补缴的条件、程序和标准，那么按照该政策补缴土地出让金是合法的。政策作为行政法规的一种形式，具有法律约束力，只要其制定程序合法、内容不违反上位法，就应当被遵守。

2. 法定程序与合规性：

   • 补缴土地出让金不仅需要符合政策规定，还需要遵循法定的程序。这包括但不限于土地管理部门对补缴申请的受理、审核、批准等环节。如果补缴行为未经过法定程序，或者程序存在瑕疵，那么其合法性可能会受到质疑。

3. 历史遗留问题与特殊处理：

   • 在某些情况下，由于历史原因或政策调整，可能存在一些土地出让金未足额缴纳的情况。对于这类历史遗留问题，政府可能会出台特殊政策或措施进行处理，包括允许补缴土地出让金。在这种情况下，补缴行为是否合法，需要看其是否符合这些特殊政策或措施的规定。

4. 合同约定与履行：

   • 如果土地出让合同中明确约定了土地出让金的缴纳方式和时间，而受让方未按照约定履行，后来根据政策或双方协商进行补缴，那么这种补缴行为在合同层面也是合法的，因为它是对原合同义务的履行或补救。

综上所述，按当时政策补缴土地出让金是否合法，需综合考虑政策依据、法定程序、历史遗留问题以及合同约定等多个方面。如果您有具体的补缴情况或政策背景需要咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的法律分析。