在建设工程合同纠纷中，若持有对方出具的欠条，通常应以建设工程合同纠纷中的建设工程施工合同纠纷或建设工程价款优先受偿权纠纷为案由进行起诉。以下是对这一问题的详细分析：

1. 案由确定依据：

   • 根据《民事案件案由规定》，建设工程合同纠纷包括多个子案由，其中与工程款欠条直接相关的是建设工程施工合同纠纷和建设工程价款优先受偿权纠纷。
   • 欠条作为证明欠款事实和金额的关键证据，在建设工程合同纠纷中具有重要作用。它表明了发包方或承包方之间存在未支付的工程款，从而构成了起诉的基础。

2. 起诉流程与注意事项：

   • 明确管辖法院：根据《中华人民共和国民事诉讼法》，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，即由建设工程所在地的基层人民法院管辖。
   • 准备起诉材料：包括起诉状、欠条、建设工程合同、工程验收记录等相关证据材料。起诉状应明确原、被告的基本信息，诉讼请求，以及事实与理由。
   • 提交起诉并立案：将起诉材料提交至有管辖权的人民法院立案庭，等待审查并立案。
   • 送达与答辩：法院将起诉状副本等法律文书送达给被告，被告在规定时间内可提交答辩状。
   • 开庭审理与判决：法院将组织开庭审理，双方进行举证、质证和辩论。最终，法院将根据庭审情况和证据依法作出判决。

3. 法律建议：

   • 在起诉前，应确保欠条的真实性和有效性，包括欠款金额、还款期限、欠款人身份等关键信息的明确性。
   • 考虑到诉讼时效的问题，应在法定诉讼时效内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
   • 在整个起诉过程中，建议寻求专业律师的帮助，以确保起诉材料的完整性和准确性，以及庭审过程中的有效应对。

4. 可能的法律后果：

   • 若法院判决支持原告的诉讼请求，被告将需支付拖欠的工程款及可能产生的利息和其他相关费用。
   • 若被告未履行判决义务，原告可在判决书生效后向法院申请强制执行，以确保自身权益的实现。

综上所述，在建设工程合同纠纷中持有欠条的情况下，应以建设工程合同纠纷中的相关案由进行起诉，并遵循相应的起诉流程和注意事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。