针对您提出的“刑事主观存疑反向衔接怎么处理”这一问题，我将从行刑反向衔接的实践角度，结合相关法律法规和实际操作经验，为您进行详细解答。

首先，我们需要明确什么是行刑反向衔接。行刑反向衔接，简单来说，就是在人民检察院决定不起诉的案件中，如果认为被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，并移送有关主管机关处理。这一机制旨在确保行政执法与刑事司法的有效衔接，避免出现“不刑不罚”或“免刑逃罚”的情况。

针对您提到的“刑事主观存疑反向衔接”，这通常指的是在刑事案件中，由于证据不足或其他原因，人民检察院决定不起诉，但认为被不起诉人可能存在行政违法行为，需要将其移送行政机关进行行政处罚的情况。在处理这类案件时，我们需要注意以下几点：

1. 证据材料的移送：

   • 根据相关法律法规，人民检察院在决定不起诉并认为需要给予行政处罚时，应当将案件及相关证据材料移交行政机关处理，并提出检察意见。
   • 在药品领域等特殊案件中，如果存在共同犯罪或上下游犯罪的情况，建议等待法院对已起诉的同案被告人作出判决后，再向相关行政机关发出检察意见和移送案件证据材料，以避免证据“泄漏”影响法院判决。

2. 办案期限的扣除：

   • 对于刑事在先、被作出不起诉决定后通过反向衔接作出行政处罚的案件，行政办案期限从行政机关收到检察意见后立案起算，不存在扣除办案期限的问题。
   • 但对于先由行政机关前期立案调查，后发现违法行为人涉嫌刑事犯罪，通过行刑正向衔接移送司法机关处理，检察机关在作出不起诉决定后，又通过反向衔接回流到行政机关的案件，是否需要扣除刑事案件办理期限，目前并无明确规定。但从行刑衔接机制设置的目的和意义来看，确有将扣除刑事办案期限写入行刑反向衔接制度规定的必要，以避免因治安处罚超期而出现“不刑不罚”“免刑逃罚”的情况。

3. 特殊违法行为的追责时效和办案期限：

   • 在办理既符合治安管理处罚条件又符合其他法律处罚条件，且行政主管部门是公安机关的行刑反向衔接案件时，需要具体情况具体分析。
   • 例如，对于为电信网络诈骗提供帮助的掩隐案件、偷越国(边)境案件等，应适用反电信网络诈骗法、出境入境管理法等特别法的规定，而非治安管理处罚法。
   • 同时，公安机关在刑事案件受理时即应视为行政违法已被发现，因此上述违法行为应视为在行政处罚法规定的追责时效之内，办案期限也应适用行政处罚法的相关规定。

综上所述，处理刑事主观存疑反向衔接案件时，我们需要严格遵守相关法律法规和程序规定，确保行政执法与刑事司法的有效衔接。同时，我们也需要根据案件的具体情况，灵活运用法律原则和规定，以实现公正、高效的司法处理。希望这些解答能对您有所帮助。