针对您提出的问题，即“诉请解除合同，但事实上合同已协商解除，应该怎么处理”，核心前提是合同已经通过协商方式解除，而原告却仍在诉讼中请求解除合同。以下是我的分析和建议：

1. 及时与法院沟通：

   • 在发现合同已经协商解除后，原告应尽快与受理案件的法院取得联系，说明合同已经通过协商方式解除的事实，并提供相关证据（如协商解除的协议、双方确认的解除文件等）。
   • 这样做可以避免法院在不知情的情况下继续审理案件，造成不必要的司法资源浪费，同时也有助于原告及时止损，避免因诉讼而产生的额外费用和时间成本。

2. 申请撤诉或变更诉讼请求：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告有权在诉讼过程中申请撤诉或变更诉讼请求。
   • 在合同已经协商解除的情况下，原告可以向法院申请撤诉，结束诉讼程序；或者，如果原告认为协商解除过程中存在其他争议（如违约责任、赔偿问题等），可以变更诉讼请求，将争议焦点转向这些方面。

3. 注意诉讼时效和证据保存：

   • 即使合同已经协商解除，原告也应注意诉讼时效的问题，确保在法定时效内行使自己的权利。
   • 同时，原告应妥善保存与合同协商解除相关的所有证据，以备不时之需。这些证据在后续可能出现的争议中可能起到关键作用。

4. 考虑后续法律行动：

   • 如果在协商解除合同的过程中存在违约行为或其他争议点，原告可以考虑在撤诉或变更诉讼请求后，根据实际情况采取进一步的法律行动，如提起违约之诉或要求赔偿等。

综上所述，当发现合同已经协商解除而仍在诉讼中请求解除合同时，原告应及时与法院沟通、申请撤诉或变更诉讼请求，并注意诉讼时效和证据保存。如有任何后续法律行动的需要，也可以随时向我咨询。