在征收过程中认定违法建筑的程序，是一个涉及法律严谨性和程序公正性的重要环节。以下是从多个角度对这一程序进行的详细分析：

1. 认定主体：

   • 对于在乡村村庄内乱占耕地建房的违法行为，一般由乡、镇人民政府来按照法定程序进行调查、核实、认定。
   • 对于在城市规划区内等违法占用土地进行建设，或未按照规划许可证中的规定进行建设的，一般由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门来调查、认定和处理，也可以是自然资源主管部门。

2. 认定程序：

   • 立案、调查：相关部门在接到举报或发现违法乱占耕地进行建房的行为时，需组织两人以上的执法人员实地对违法行为进行调查、认定。调查过程中，要记录违法占用土地建设的面积、结构以及修建时间等信息，并制作笔录。同时，对违法建筑进行拍照、录像，并向当事人索要房屋产权证、土地使用权证等相关证明材料。
   • 告知当事人违法事实、保障陈述申辩权：在调查、认定之后，如果确实存在未办理审批手续就乱占土地进行建房的行为，相关部门在作出行政处罚决定之前，需告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由、依据，并保障当事人依法享有的陈述、申辩权以及要求听证的权利。当事人如果对调查结果有异议，可以进行申辩或要求召开听证会。
   • 作出行政处罚决定：对于当事人陈述、申辩不成立的，相关部门应当自立案之日起的九十日内作出行政处罚决定，即对当事人作出责令限期拆除决定书或限期改正通知书等文件。行政处罚决定书中应包含当事人的姓名或名称、地址，违反法律、法规、规章的事实和证据，行政处罚的种类和依据，行政处罚的履行方式和期限，申请行政复议、提起行政诉讼的途径和期限，以及作出行政处罚决定的行政机关名称和作出决定的日期。

3. 特殊情况处理：

   • 对于因历史原因导致的未依法办理房屋登记的情况，不能简单粗暴地处理。例如，1982年2月13日颁布实施《村镇建房用地管理条例》之前在农村村镇和村庄建设并使用至今的房屋，由于当时没有建立建设用地的审批制度，因此不能要求当事人提供建造该房屋时的审批手续。
   • 类似地，1984年4月1日颁布制定的《城市规划条例》实施之前在城市规划区内建设使用的房屋，以及1987年1月1日《土地管理法》实施之前在城市范围建设并使用至今的房屋，虽然可能没有获得产权证书或审批手续，但也不能直接被认定为违法建筑。

4. 审查与救济：

   • 当房屋被相关部门认定为违法建筑且不予任何补偿或赔偿时，被征收人应马上审查认定程序是否合法，认定主体是否合法。
   • 如果对行政处罚决定有异议，当事人可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，征收中认定违法建筑的程序是一个复杂而严谨的过程，需要遵循法律规定的程序和标准进行。如果您在征收过程中遇到类似问题，或者对认定程序有疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。