关于国有合资企业的工资总额由谁决定的问题，这主要涉及到企业内部的工资总额管理机制以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
企业内部管理机制：
- 国有合资企业通常会根据自身的经营状况、经济效益以及劳动生产率等因素，来综合确定工资总额。这一过程中，企业的人力资源部门会联合财务、审计等部门进行核定，并可能经过职工代表大会的审议。
- 在一些情况下，特别是对于主业处于充分竞争行业和领域的商业类国有合资企业，工资总额预算可能实行备案制管理，由企业董事会在依法依规的前提下自主决定。
法律法规与政策指导：
- 根据《中央企业工资总额管理办法》等相关规定，国资委等上级主管部门对中央企业的工资总额实行分类管理和分级管理。对于国有合资企业，如果其属于中央企业范畴，那么其工资总额管理也会受到这些规定的约束。
- 工资总额预算主要按照效益决定、效率调整、水平调控三个环节来决定，与利润总额等经济效益指标的业绩考核目标值挂钩，并根据目标值的先进程度确定不同的预算水平。
特殊情形处理：
- 对于国有合资企业中的特殊情形，如重大科技创新奖励、市场化选聘高层次人才薪酬、困难企业工资总额缓调等，可能会有单独的管理办法或规定。
- 例如，重大科技创新奖励可能单列管理，市场化选聘高层次人才薪酬可能实行备案制并可突破工资总额限制（但需符合一定条件），困难企业则可能经批准后申请工资总额缓调。
动态调整与监督管理：
- 国有合资企业通常会建立季度监测预警机制，当出现利润下滑、应收账款周转率低于行业警戒值、全员劳动生产率同比下降等情形时，会启动工资总额的调整程序。
- 同时，企业也会实行“双账户”管理制度，确保工资专户与经营账户物理隔离，并建立三级核查体系来监督工资发放情况。
综上所述，国有合资企业的工资总额决定是一个复杂的过程，涉及企业内部管理机制、法律法规与政策指导、特殊情形处理以及动态调整与监督管理等多个方面。因此，无法简单地给出一个统一的答案来回答“国有合资企业的工资总额由谁决定”的问题。在实际操作中，企业需要根据自身情况、相关法律法规以及政策指导来综合确定工资总额。如果您有关于国有合资企业工资总额管理的具体问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。