针对您提出的问题，即一个股东虚假出资多年后不补缴，在公司清算有剩余财产时该如何分配，这是一个涉及公司法、清算程序以及股东权益分配的复杂问题。下面我将为您详细解析：
首先，我们需要明确的是，在注册资本认缴制下，股东的出资分为认缴和实缴两部分。虽然《公司法》对于利润分配明确规定了按照实缴出资比例进行，但对于公司清算时的剩余财产分配，并没有直接规定是按照认缴还是实缴出资比例进行。不过，《公司法司法解释二》第二十二条给出了明确的指导，即公司解散时，股东尚未缴纳的出资均应作为清算财产。这包括到期应缴未缴的出资，以及依照公司法规定分期缴纳尚未届满缴纳期限的出资。
接下来，我们通过一个具体的例子来说明剩余财产的分配方式：
假设A公司注册资本为1000万，其中甲股东实缴出资600万（占60%），乙股东认缴出资400万（占40%，但未实缴）。A公司经过清算后，账面剩余货币资金为100万。
第一步：将乙股东认缴但未实缴的400万出资计入清算财产。这样，可供两名股东分配的财产总额就变为100万（原有剩余）+ 400万（乙股东认缴未实缴出资）= 500万。
第二步：在视同乙股东已实缴出资的情况下，按照实缴和认缴出资比例一致的原则进行分配。即甲股东应分配500万 * 60% = 300万，乙股东应分配500万 * 40% = 200万。
第三步：乙股东虽然获得了200万的分配，但其仍欠公司400万的出资额。因此，乙股东需要向公司或直接向甲股东支付200万（即其应取得的分配额与其欠缴的出资额之间的差额）。
如果公司清算后的剩余财产更多，比如1600万，那么分配方式类似，只是数额会相应增加。乙股东在获得其应得的分配后，仍需补缴其欠缴的出资额。
此外，还需要注意以下几点风险：
股东以劳务、个人资源出资的风险：虽然实务中可能存在股东以劳务、个人资源等进行出资的情况，但从《公司法》的角度来看，这并不被视为有效的出资方式。如果公司清算，要求这类股东再向公司或其他股东支付其欠缴的出资额，可能对这类股东有失公允。因此，建议股东在入股时明确出资方式，并避免以非货币财产出资。
大股东以控制权损害小股东利益的风险：大股东可能利用其控制权，在公司清算前先进行利润分配，从而损害小股东的利益。为了避免这种情况，股东可以在公司章程或股东协议中明确对利润分配和剩余财产分配进行约定。
剩余财产分配约定的有效性：虽然《公司法》对于剩余财产分配没有“但书”条款，但股东可以对剩余财产分配进行另行约定。只要这种约定属于对自身财产的处置，且不损害第三方的利益，那么就不违反《公司法》的立法精神。因此，股东可以在入股时或公司运营过程中，就剩余财产分配进行明确约定。
综上所述，针对您提出的问题，一个股东虚假出资多年后不补缴，在公司清算有剩余财产时，应按照《公司法司法解释二》的规定进行分配。同时，股东还需要注意上述提到的风险，并采取相应的措施进行防范。