关于一个单位是否能做两次设施农用地备案的问题，这主要取决于设施农用地的使用期限、续期需求以及相关政策规定。

首先，设施农用地实行备案制管理，这是由自然资源部和农业农村部等相关政策文件明确规定的。在设施农用地使用期限届满前，如果经营者确需继续使用该地块进行设施农业建设，那么是可以按照程序重新办理备案的。

具体来说，当设施农用地使用期限即将到期时，经营者如果希望继续使用该地块，应当提前向相关部门提出续期申请，并按照规定的程序重新办理备案手续。这包括与村级组织或国有农场主管部门重新签订用地协议，向乡镇政府或县级自然资源主管部门、农业农村主管部门提交备案申请等。

然而，如果设施农用地在使用期限内或到期后不再使用，或者续期申请未通过审核，那么经营者就需要按照相关规定落实土地复垦义务，确保恢复土地原用途。在这种情况下，就不能再进行第二次备案了。

此外，还需要注意的是，设施农用地的备案和使用必须严格遵守相关政策规定和用途管制原则。经营者不得擅自扩大或变相扩大设施农用地规模，不得改变设施农用地性质，禁止以农业为依托建设休闲观光项目以及各类农业园区等非农用途。如有违反，将可能面临违法用地的处理。

综上所述，一个单位在设施农用地使用期限届满且确需继续使用时，是可以按照程序重新办理备案的。但如果在使用期限内或到期后不再使用，或者续期申请未通过审核，则不能进行第二次备案。同时，必须严格遵守相关政策规定和用途管制原则，确保设施农用地的合法、合规使用。