在民事案件受理后，如果发现主体不适格，处理方式会根据具体情况有所不同，但总体原则是确保诉讼程序的合法性和公正性，同时保障各方当事人的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：

一、主体不适格的认定

在民事诉讼中，主体不适格通常指的是原告或被告与案件没有直接的利害关系，或者不符合法律规定的诉讼主体资格。例如，在原告起诉的案件中，如果被告并非实际的责任承担者，或者原告并非与案件有直接利害关系的公民、法人或其他组织，那么就可能存在主体不适格的问题。

二、处理方式

1. 法院依职权裁定驳回起诉：

   • 如果在开庭后发现主体不适格，法院通常会依职权裁定驳回起诉。这是因为不适格的主体无法进行有效的诉讼活动，继续审理已无实际意义。裁定作出后，当事人可以根据具体情况决定是否重新起诉，但需确保新的诉讼主体符合法律规定。

2. 判决驳回原告诉讼请求：

   • 在某些情况下，如果法院在实体审理过程中发现原告的诉讼请求不能成立，且被告主体不适格是导致这一结果的重要原因之一，法院可能会判决驳回原告诉讼请求。这通常发生在法院已经对案件进行了全面审理，并查明了相关事实后。

3. 劝导原告更换被告或撤诉：

   • 为了方便诉讼，减少当事人诉累，体现司法为民和诉讼经济原则，法院在发现主体不适格后，可能会依职权主动向原告释明，劝导原告更换被告或进行撤诉。如果原告坚持不同意更换被告，也不申请撤诉的，法院将按照相关实体法或证据不足进行认定，并作出相应的判决或裁定。

三、注意事项

1. 及时处理：

   • 主体不适格的情况需及时处理，以保障诉讼的正常进行和各方合法权益。拖延处理可能导致程序拖延和资源浪费。

2. 配合裁定执行：

   • 各方当事人应配合法院的裁定执行工作，避免造成不必要的程序拖延和资源浪费。

3. 重新起诉的条件：

   • 如果当事人决定重新起诉，需确保新的诉讼主体符合法律规定，且案件属于人民法院的受案范围和受诉人民法院管辖。

四、案例分析

以您提供的案例为例，原告睢县凤城预制构件公司起诉被告林某清偿货款，但法院经审理查明被告林某并非实际的责任承担者，而是工地上的收料员。因此，法院最终判决驳回原告的诉讼请求。这一案例充分说明了在民事案件中，如果发现主体不适格，法院将如何根据具体情况作出相应的处理。

综上所述，在民事案件受理后发现主体不适格时，法院会根据具体情况采取相应的处理方式，以确保诉讼程序的合法性和公正性，同时保障各方当事人的合法权益。