关于“领航软件是否合法”的问题，我们可以从您提供的信息中进行详细分析。

首先，从您给出的参考信息中，我们了解到市测绘地理中心自主研发了一款名为“测绘地理空间信息数字标识软件”（在此上下文中，可能被简称为或相关联于“领航测绘地理数据管理”软件，尽管具体名称可能有所差异，但核心功能和研发背景是一致的）的软件，并且该软件已经成功获得了国家版权局颁发的计算机软件著作权登记证书。这一证书是软件合法性和原创性的重要证明，意味着该软件在法律上得到了认可和保护。

其次，从软件的功能和用途来看，它旨在通过数字标识技术为海量测绘地理信息数据赋予唯一、可追溯、可管控的“数字身份证”，这不仅有助于数据资产化和权属明晰化，还是实现数据安全有序流通的前提。此外，该软件还通过统一的标识解决了数据来源混杂、使用不规范等痛点，增强了数据使用的透明度和责任可追溯性，为数据安全提供了有力保障。

综合以上信息，我们可以得出结论：由市测绘地理中心自主研发的“测绘地理空间信息数字标识软件”（或相关联的“领航测绘地理数据管理”软件）是合法的。它不仅获得了国家版权局的认可，还在数据资产管理和安全领域发挥了重要作用，积极响应了国家数据安全法律法规要求，为测绘地理信息数据的安全存储、传输和使用提供了可落地的技术解决方案。

因此，对于用户提出的“领航软件是否合法”的问题，答案是肯定的。该软件是合法的，并且在数据资产管理和安全领域具有重要价值。