针对您提出的“集团内部公司员工异地缴纳社保合法吗”这一问题，根据相关法律法规及实际案例，我们可以得出以下结论：
集团内部公司员工异地缴纳社保通常是不合法的。
一、法律依据
《社会保险法》：该法明确规定，用人单位应当自成立之日起三十日内凭营业执照、登记证书或者单位印章，向当地社会保险经办机构申请办理社会保险登记。社会保险经办机构应当自收到申请之日起十五日内予以审核，发给社会保险登记证件。这表明，用人单位有义务在其注册地或经营地（即“当地”）为职工办理社会保险登记并缴纳社会保险费。
《社会保险费征缴暂行条例》：该条例也规定，缴费单位必须向当地社会保险经办机构办理社会保险登记，参加社会保险。这意味着，异地代缴社保并不符合条例的规定。
《社会保险稽核办法》：此办法进一步明确了社会保险经办机构在发现被稽核对象在缴纳社会保险费方面存在违法行为时，应据实写出稽核意见书，并要求被稽核对象在限定期限内予以改正。
二、实际案例分析
以林歌的案例为例，他所在的公司未在其注册地为他缴纳社会保险，而是选择在外地为他缴纳。尽管他本人同意了这一安排，并且也享受了相关的社保待遇，但社保经办机构仍然认为公司的行为违法，并责令其补缴相应的社保费用。公司对此不服，提起行政诉讼，但最终被二审法院驳回上诉，维持原判。这一案例充分说明了异地代缴社保的违法性。
三、为何异地代缴社保不合法
违反地域管辖原则：社会保险稽核实行地域管辖，即用人单位应在其社会保险登记地履行缴费义务。异地代缴社保打破了这一原则，导致社保管理混乱，不利于保障职工的合法权益。
可能损害职工利益：异地代缴社保可能导致职工的社保待遇降低，因为不同地区的社保政策、缴费基数和待遇标准可能存在差异。此外，如果职工在异地发生社保相关事宜，处理起来也会更加复杂和不便。
增加企业风险：对于企业而言，异地代缴社保可能面临法律风险和合规风险。一旦被社保经办机构查处，企业可能需要补缴社保费用、支付滞纳金甚至面临罚款等处罚。
四、建议
对于集团内部公司而言，应严格遵守相关法律法规，在其注册地或经营地为职工办理社会保险登记并缴纳社会保险费。如果因业务需要需要将员工派往异地工作，可以考虑通过转移社保关系、在异地设立分支机构并办理社保登记等方式来解决社保缴纳问题。同时，企业也应加强与员工的沟通，明确社保缴纳的相关事宜，避免因社保问题引发劳动纠纷。