企业实行12小时工作制是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度的分析：
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息1日。
- 如果企业安排劳动者每天上班12小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。劳动者有权拒绝这种不合理的安排，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
特殊情况：
- 不定时工作制：适用于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等。在此制度下，上班12小时不一定违法，但需确保职工整体工作时间和休息权益得到保障，且用人单位应采用集中工作、集中休息、轮休调休等方式确保职工休息休假权利。
- 综合计算工时工作制：以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。
- 依法延长工作时间：根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。第四十二条规定了在自然灾害、事故等紧急情况下，延长工作时间不受上述限制。在这些情况下，如果用人单位与工会和劳动者协商一致，或符合法律规定的特殊情形，并依法支付加班工资，则安排劳动者上班12小时是合法的。
劳动者权益保护：
- 无论何种情况，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。如果用人单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝。
- 若用人单位安排加班不支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
综上所述，企业实行12小时工作制是否违法，需综合考虑工作时间安排、是否经过合法审批、是否支付加班工资以及劳动者的休息权益是否得到保障等多种因素。在任何情况下，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。