集体土地上房屋协议拆迁的依据主要来源于《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国土地管理法实施条例》等法律法规，以及地方上的集体土地征收与补偿办法和相关政策文件。以下是对这些依据的详细阐述：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国土地管理法》

   • 该法明确规定了国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或征用，并给予补偿。其中，第四十八条是集体土地征收补偿的核心条款，强调了补偿的公平性、合理性以及对被征地农民生活水平和长远生计的保障。它确立了征收集体土地应给予公平、合理的补偿，包括土地补偿费、安置补助费、农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。

2. 《中华人民共和国土地管理法实施条例》

   • 作为《土地管理法》的配套法规，该条例进一步细化了土地征收、补偿安置等程序和要求。例如，第二十六条详细规定了各项补偿费用的归属和使用，确保补偿资金能够合理分配到相关权利主体手中。

二、地方性法规和政策规定

• 各地会根据实际情况制定具体的集体土地征收与补偿办法，对补偿标准、程序等进行细化和补充。这些办法可能包括不同类型土地（如耕地、林地、宅基地等）的具体补偿金额计算方式，以及房屋拆迁的评估方法和补偿标准。
• 政府部门还可能出台一些关于集体土地拆迁补偿的政策文件，对特定时期或特定区域的拆迁补偿工作进行指导和规范。这些政策文件可能涉及补偿资金的筹集和管理、安置房的建设和分配等方面的内容。

三、补偿原则和内容

• 集体土地拆迁补偿应遵循公平、合理、合法的原则，确保被征地农民和集体的合法权益不受侵害。
• 补偿内容涵盖土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、社会保障费用以及房屋拆迁补偿等多个方面。其中，房屋拆迁补偿是集体土地上拆迁的重要组成部分，具体补偿方式可能包括货币补偿、产权调换等。

四、补偿程序

• 集体土地拆迁补偿的程序通常包括发布土地征收预公告、开展土地现状调查、拟定征地补偿安置方案、发布征地补偿安置方案公告、签订征地补偿安置协议以及及时足额支付补偿费用等步骤。

五、评估与市场价值

• 在拆迁过程中，对于被征收房屋及地上附着物的价值，通常会由具有相应资质的房地产价格评估机构进行评估，以确保补偿价格的合理性和公正性。
• 补偿标准也会参考当地房地产市场的实际情况进行调整，以保障被拆迁人的合法权益。

综上所述，集体土地上房屋协议拆迁的依据是一个复杂而全面的法律体系，涵盖了多个方面的内容和程序。在实际操作中，应严格按照法律法规和政策规定进行，确保被征地农民和集体的合法权益得到充分保障。