9月3日全国放假上班的员工是有工资的。下面我为您详细解释：

法律依据与解释

根据《劳动法》的有关规定，劳动者在法定休假日、婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。9月3日被确定为中国人民抗日战争胜利纪念日，是国家举行的纪念活动。因此，劳动者在法定工作时间内依法参加这一社会活动期间，用人单位应视同其提供了正常劳动而支付工资。

特殊情况说明

虽然大部分情况下9月3日放假是有工资的，但也要考虑到一些特殊情况。比如，如果员工的劳动合同中有特别约定，或者用人单位的规章制度中有相关规定，并且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么可能会按照约定或规定来处理工资支付问题。

结论总结

综上所述，9月3日全国放假期间，如果员工正常休假未上班，用人单位应按照正常出勤支付工资。如果员工因特殊原因需要上班，并且符合法律法规的规定，那么用人单位也应按照相关法律法规的规定支付加班工资。如果您在这方面有任何疑问或问题，欢迎直接向我咨询。