在施工单位银行账户被冻结的情况下，建设单位想要合法合规地直接代发工资款和材料款，确实需要谨慎操作。以下是我给出的具体建议：

首先，明确结论：建设单位在代发工资款和材料款时，必须确保操作符合法律法规，并尽可能与施工单位、劳动者及材料供应商协商一致，以避免法律风险和纠纷。

1. 核实账户冻结情况

• 建设单位应首先向施工单位了解银行账户被冻结的具体原因、冻结期限以及是否有解冻的可能。
• 同时，建议建设单位向银行或相关法律机构咨询，确认冻结的合法性和具体解冻流程。

2. 与施工单位协商

• 在确认账户冻结无法短期内解冻后，建设单位应与施工单位协商，明确代发工资款和材料款的具体方式、金额、时间等。
• 双方应签订书面协议，明确各自的权利和义务，特别是关于代发款项的支付方式、税务处理、责任承担等。

3. 确保合法合规性

• 建设单位在代发工资款时，应确保遵守劳动法、税法等相关法律法规，如代扣代缴个人所得税等。
• 对于材料款，建设单位应确保与材料供应商之间的合同关系清晰，且代付款项符合合同约定。

4. 通知劳动者和材料供应商

• 建设单位在代发工资款和材料款前，应通知相关劳动者和材料供应商，明确款项的来源、金额、支付方式等。
• 同时，建议建设单位要求劳动者和材料供应商提供收据或发票等凭证，以证明款项的支付。

5. 保留证据和记录

• 建设单位在代发工资款和材料款的过程中，应保留所有相关的证据和记录，如银行转账凭证、书面协议、收据或发票等。
• 这些证据和记录对于未来可能出现的法律纠纷或审计等都具有重要的证明作用。

综上所述，建设单位在代发工资款和材料款时，必须谨慎操作，确保合法合规性，并与施工单位、劳动者及材料供应商协商一致。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。