针对您提出的“违反契税法办理的土地使用权证怎么处理”的问题，首先我们需要明确一点：契税法的遵守是土地转让、抵押或置换过程中必须重视的法律要求。若在处理土地使用权证的过程中违反了契税法，那么将可能面临一系列的法律后果和处理措施。
一、法律后果
税务违法处理：
- 根据相关税法规定，如未按规定缴纳契税，税务部门将依法进行追缴，并可能加收滞纳金。
- 情节严重的，还可能面临税务行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
土地使用权证的有效性：
- 违反契税法办理的土地使用权证，在法律上可能被视为无效或部分无效。
- 这可能导致土地使用者无法充分行使对土地的权利，如转让、出租、抵押等。
信用记录影响：
- 税务违法行为将被记录在企业的信用记录中，可能影响企业的信誉和未来的商业活动。
二、处理措施
补缴税款及滞纳金：
- 如发现违反契税法，应尽快向税务部门补缴应缴的契税及可能产生的滞纳金。
接受税务部门调查：
- 税务部门可能会对违反契税法的情况进行调查，土地使用者应积极配合，提供相关资料和证据。
咨询专业法律意见：
- 在处理此类问题时，建议咨询专业的法律或税务顾问，以确保合规并降低法律风险。
纠正违法行为：
- 在补缴税款并接受处理后，应确保未来在办理土地使用权证时严格遵守相关税法规定。
三、预防措施
加强税法学习：
- 土地使用者应加强对契税等相关税法的学习和理解，确保在办理土地使用权证时能够合规操作。
完善内部管理制度：
- 建立健全的内部管理制度，确保在土地转让、抵押或置换过程中能够准确、及时地缴纳相关税款。
定期自查与审计：
- 定期对公司的税务情况进行自查和审计，及时发现并纠正可能存在的税务问题。
综上所述，违反契税法办理的土地使用权证将面临一系列的法律后果和处理措施。因此，土地使用者应严格遵守相关税法规定，确保在办理土地使用权证时的合规性。如已发生违法行为，应尽快采取补救措施并咨询专业法律意见以降低法律风险。