针对已办理土地证但存在违法用地且已缴纳土地使用税的情况，需分情况处理，核心结论如下：

1. 违法用地性质认定与整改要求
   首先需明确违法用地的具体性质（如超面积使用、改变土地用途、未批先建等）。根据《土地管理法》第七十七条，违法用地需承担行政责任，包括限期改正、没收违法所得、罚款等。若已办理土地证但实际用地超出证载范围或用途，需立即停止违法行为，向自然资源部门申请补办审批手续或恢复土地原用途。已缴纳的土地使用税不能抵消违法用地责任，但整改后可避免进一步处罚。

2. 土地使用税的合法性审查
   根据《城镇土地使用税暂行条例》，土地使用税的征收以合法用地为前提。若用地行为被认定为违法，税务机关可能追溯调整税收：

   • 若违法用地未被查处：已缴纳的税款可能被视为“误征”，但需以行政机关最终认定结果为准；
     
   • 若违法用地被查处：税务机关可能要求补缴差额（如实际用途与证载用途税率不同）或退还多缴部分，同时需配合土地管理部门完成整改。

3. 行政处罚与信用修复
   违法用地行为可能被录入信用系统，影响企业或个人征信。整改完成后，可向自然资源部门申请出具《违法用地整改完成证明》，并同步更新土地登记信息。若涉及罚款，需在规定期限内缴纳，避免产生滞纳金或强制执行。

4. 刑事风险排除
   若违法用地行为涉嫌非法转让、倒卖土地使用权罪（《刑法》第二百二十八条）或非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条），需立即委托律师介入，评估是否构成犯罪。已缴纳土地使用税不能作为免除刑事责任的依据，但主动整改可争取从宽处理。

行动建议：

• 立即委托律师或土地规划机构对用地行为进行合法性审查；
  
• 向当地自然资源部门提交书面整改方案，争取在行政处罚阶段解决问题；
  
• 保留所有缴费凭证、土地证、审批文件等证据，以备后续争议使用。
  

如有进一步细节（如用地类型、违法情节等），可直接向我咨询，我会结合具体案情提供针对性方案。