首先，我们明确一点：员工偷跑（即未经允许擅自离职）并不意味着员工就放弃了其应得的工资。同样，老板的损失也不能直接通过扣发员工工资来弥补。下面，我将从法律角度详细解释这个问题，并给出相应的建议。

核心结论

1. 员工偷跑不影响其工资权益：员工擅自离职，并不直接决定其是否应得工资。工资是员工提供劳动的报酬，对于已经提供的劳动，员工有权要求支付工资。
2. 老板损失应通过合法途径解决：老板因员工偷跑造成的损失，应通过法律途径来追究员工的责任，如提起民事诉讼要求赔偿，而不是直接扣发工资。

详细解释

1. 员工工资权益：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。
   • 即使员工擅自离职，对于其已经提供的劳动部分，老板仍然需要支付工资。

2. 老板损失的处理：

   • 老板可以因员工偷跑造成的实际损失（如生产中断、客户流失等）为依据，向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿。
   • 在诉讼过程中，老板需要提供充分的证据来证明损失的存在以及损失与员工偷跑之间的因果关系。

3. 不建议扣发工资：

   • 直接扣发工资可能引发新的法律纠纷，如员工可能以克扣工资为由提起劳动仲裁或诉讼。
   • 扣发工资需要有明确的法律依据和合法的扣发程序，否则将构成违法行为。

法律建议

• 对于员工：如果认为自己的工资被无理扣发，可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 对于老板：面对员工偷跑造成的损失，应首先收集证据，然后通过法律途径来追究员工的责任。同时，也可以考虑加强内部管理，预防类似事件的再次发生。

综上所述，员工偷跑并不直接影响其工资权益，而老板因员工偷跑造成的损失应通过合法途径来解决。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。