当工伤认定时公司不配合，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 自行收集证据：

   • 您需要全面收集能证明劳动关系及工伤事实的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、同事证言、医院诊断证明等。这些证据是申请工伤认定的关键。

2. 向劳动保障行政部门提交申请：

   • 在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，您可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 提交申请时，需填写《工伤认定申请表》，并附上收集到的相关证据材料。
   • 即使公司不配合，只要事实清楚、权利义务明确，劳动保障行政部门依然会依职权调查核实并作出工伤认定决定。

3. 寻求外部帮助：

   • 若单位有工会组织，您可以请求其介入调解，促使公司配合工伤鉴定。
   • 您也可以向当地劳动监察部门投诉公司的不配合行为，要求其进行监督检查并责令改正。

4. 法律途径维权：

   • 若公司对工伤认定结论不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但这不影响工伤认定决定的执行。
   • 若公司拒不配合导致您的权益受损，您可在工伤认定后依法向劳动仲裁委员会提起仲裁，要求公司承担工伤赔偿责任。
   • 对劳动仲裁结果不服的，您还可以进一步向法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。

综上所述，即使工伤认定时公司不配合，您也可以通过自行收集证据、向劳动保障行政部门提交申请、寻求外部帮助以及提起法律途径维权等方式来维护自己的合法权益。在整个过程中，请务必保持证据的完整性和真实性，并妥善保管所有与工伤相关的证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。