公证债权文书申请执行确实存在时效限制。根据最新公布的最高人民法院《关于公证债权文书执行若干问题的规定》第九条，申请执行公证债权文书的期间自公证债权文书确定的履行期间的最后一日起计算；分期履行的，自每次履行期间的最后一日起计算。这一规定明确了执行时效的起算点。

同时，规定还指出，债权人向公证机构申请出具执行证书的，申请执行时效自债权人提出申请之日起中断。这意味着，如果债权人在时效期间内向公证机构提出了出具执行证书的申请，那么执行时效将会中断，并重新计算。

关于执行时效的期间，需要特别注意的是，它并不等同于诉讼时效。根据民事诉讼法的规定，申请强制执行的时效为“二年”，而不是诉讼时效的“三年”。因此，债权人在申请执行时需要特别注意时效问题，以免因超过执行时效而丧失申请强制执行的权利。

此外，如果债权人在超过执行时效后申请执行，公证机构并不能主动以债权人的申请超过时效为由不予受理或不予出具执行证书。公证机构需要受理并向被执行人启动核实程序，如果被执行人在核实过程中提出时效异议，且公证机构审查后发现确实超过时效的，才会不予出具执行证书。

总的来说，公证债权文书申请执行存在时效限制，债权人在申请执行时需要特别注意时效问题，并遵循相关法律法规及程序规定。如果债权人对执行时效有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业律师或法律机构以获取更详细的解答和建议。