执行公证债权文书的申请执行期限为两年。以下是详细解释：

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十条的规定，申请执行的期间为二年。这一规定同样适用于公证债权文书的执行申请。

2. 起算时间：

   • 如果公证债权文书上明确载明了给付期限，那么申请执行的期间从该期限的最后一日开始计算。
   • 如果公证债权文书上没有载明给付期限，那么申请执行的期间从公证债权文书被赋予强制执行效力之日起开始计算。

3. 特殊情况：

   • 如果在申请执行期间内，因法定事由（如不可抗力或其他障碍）导致权利人无法行使请求权，那么申请执行时效的中止将适用法律关于诉讼时效中止的规定。这意味着，在法定事由消除后，申请执行期间将继续计算，但中止期间不计入内。
   • 如果权利人因法定事由在申请执行期间内未能及时申请执行，但在障碍消除后的一定期限内（通常为六个月，但具体可能因地区或案件类型而异）提出申请，且该申请是在申请执行期间届满前提出的，那么法院也可能受理并执行该申请。不过，这一点并非绝对，具体还需根据案件情况和法院判断。

4. 注意事项：

   • 权利人应在申请执行期间内及时向有管辖权的人民法院申请执行，以免丧失强制执行的权利。
   • 在申请执行时，权利人应提交公证债权文书、执行证书以及相关证据材料，以证明其享有强制执行的权利。
   • 如果权利人超过申请执行期间申请执行，且没有法定中止、中断事由，那么法院可能会裁定不予执行。