行政主体不合法与行政权限不合法的区别主要在于两者的违法点不同：行政主体不合法指的是实施行政行为的组织或个人不具备法定的行政主体资格；而行政权限不合法则是指行政主体虽然合法，但其行使的权力超出了法定的权限范围。
具体来说：
行政主体不合法：
- 含义：指的是进行行政行为的组织或个人并不是法律所规定的、有权进行该行政行为的主体。例如，一个普通的公司或个人试图对违反行政法规的行为进行处罚，这显然是不合法的，因为公司和个人并不具备行政处罚的主体资格。
- 后果：行政主体不合法的行政行为自始无效，被行政相对人无需履行，且有权通过法律途径维护自己的合法权益，如申请行政复议或提起行政诉讼。
行政权限不合法：
- 含义：即使行政主体是合法的，但如果其在行使权力时超出了法定的权限范围，那么该行政行为也是不合法的。例如，一个县级行政机关试图行使只有省级行政机关才有的权力，这就构成了行政权限不合法。
- 后果：同样，行政权限不合法的行政行为也是违法的，被行政相对人有权拒绝履行，并可以通过法律途径寻求救济。
综上所述，行政主体不合法与行政权限不合法都是行政违法行为，但它们的违法点不同。前者是主体资格的问题，后者是权力行使范围的问题。在实际操作中，我们需要仔细辨别这两种情况，以确保行政行为的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。