被挂靠人直接起诉发包人，发包人支付的款项是否要扣除税费，取决于双方的具体约定和法律规定。
一. 分析双方约定
有税费分担约定的情况：
- 如果挂靠合同或相关协议中明确约定了税费由实际施工人（即挂靠人）承担，并且在工程结算中予以扣除，那么在被挂靠人起诉发包人时，发包人支付的款项理论上可以扣除税费。
- 需要注意的是，这种扣除必须基于实际施工人确实同意并承担了税费，且被挂靠人能够提供相应的证据证明税费已经实际缴纳。
无税费分担约定的情况：
- 如果双方合同中没有明确约定税费分担，那么这个问题就变得复杂起来。此时，需要综合考虑其他证据来判断当事人之间是否有相关约定。
- 如果没有其他证据支持税费应由实际施工人承担，那么被挂靠人要求从发包人支付的款项中扣除税费的主张可能不被支持。
二. 分析法律规定
纳税义务：
- 根据相关税法规定，被挂靠人作为法律上的纳税人，通常对外承担税法责任。然而，在挂靠关系中，实际施工人是进行施工活动的主体，工程款亦属于实际施工人，因此实际施工人也应承担伴随的纳税义务。
合同效力：
- 挂靠施工合同通常被视为无效合同，但《民法典》第793条规定，即使合同无效，如果建设工程经验收合格，仍然可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这意味着，如果合同中有关税费分担的约定是双方真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定，该约定仍可能对双方产生约束力。
三. 综合判断
- 在处理此类纠纷时，法院会综合考虑挂靠合同的效力、双方过错程度、实际支付税款的情况以及合同中的具体约定等因素。
- 如果挂靠合同明确约定了税款由挂靠人承担，且挂靠人实际支付了部分或全部税款，那么被挂靠人在承担纳税义务后，有可能依据合同约定向挂靠人追偿。然而，实践中多因挂靠合同无效或未明确约定税款承担方式，或者挂靠人未实际支付税款，则被挂靠人的追偿权将面临较大挑战。
我的观点：被挂靠人直接起诉发包人时，发包人支付的款项是否要扣除税费，应首先审查双方合同中的具体约定。如果合同中有明确约定且符合法律法规要求，则可以扣除税费；如果合同中没有约定或约定不明确，则需要结合实际情况和法律规定进行综合判断。在任何情况下，被挂靠人都应确保能够提供充分的证据证明税费已经实际缴纳。如有进一步需要，您可以继续咨询我。