当政府机关收到虚开发票时，会根据相关法律法规进行严肃处理。以下是对此问题的详细解答：

一、虚开发票的定义

根据《中华人民共和国发票管理办法》（中华人民共和国国务院令第764号）第二十一条，虚开发票主要包括以下三种情况：

1. 为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。
2. 让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。
3. 介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

二、虚开发票的处理方式

对于取得的虚开发票，政府机关将采取以下措施：

1. 不予抵扣进项税款或不予出口退税：对于已经抵扣的进项税款或取得的出口退税款，将依法追缴。
2. 行政处罚：根据虚开发票的具体情况，可能会对相关责任人进行罚款、调减留抵的进项税额等行政处罚。如果构成犯罪，还会移送司法机关追究刑事责任。

三、善意取得虚开发票的处理

如果购货方在不知情的情况下取得了虚开的专用发票，并且符合善意取得的条件，那么将不以偷税或骗取出口退税论处。但即便如此，也不得抵扣进项税款或办理出口退税。如果购货方能够重新从销售方取得合法、有效的专用发票，那么可以依法准予抵扣进项税款或出口退税。

四、收到异常扣税凭证的处理

如果取得的增值税专用发票被列入异常凭证范围，那么将按照以下规定处理：

• 尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。
• 已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
• 尚未申报出口退税或已申报但尚未办理出口退税的，暂不允许办理出口退税。

如果纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议，可以向主管税务机关提出核实申请。经核实符合规定的，可以继续申报抵扣或重新申报出口退税。

五、建议与措施

为保障企业合法权益和政府机关的税收管理，建议采取以下措施：

1. 加强财务管理：企业应建立健全的财务管理制度，确保发票的真实性和合法性。
2. 利用查询渠道：充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台等，对取得的发票进行真伪查验。
3. 及时拒收不合规发票：对不符合规定的发票应及时拒收，并不作为财务凭证入账。

综上所述，政府机关对虚开发票的处理方式严格且明确。企业应遵守相关法律法规，加强财务管理和发票管理，以确保自身的合法权益和税收管理的规范性。