分公司代总公司付款是可以的，但需遵循一定的法律程序和财务规范。

首先，从法律角度来看，分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，在真实的交易背景下，分公司代总公司付款在法律上是被允许的，这实际上是一种民事代理活动。但在此过程中，必须严格遵守相关的法律程序和规范，以降低潜在的法律风险。

具体来说，分公司代总公司付款时，应具备明确的委托授权手续。这包括书面形式的委托书，详细列明委托事宜、权限以及期限等关键信息。此外，财务处理也需要严格按照相关的会计准则及税务规定进行，确保所有相关的凭证和记录都得到妥善保存，以便于证明交易的真实性及其合法性。

同时，从实际操作的角度来看，分公司代总公司付款时，双方应签订详细的代付协议，明确各自的权利和义务。这包括款项的金额、用途、代付时间、还款方式等关键条款，以确保双方权益得到保障。在财务处理上，总公司和分公司也需按照会计准则进行准确的记录，确保资金流向清晰可查。

另外，税务合规也是不可忽视的一环。代付行为可能涉及税务问题，如增值税发票的开具和抵扣、企业所得税的税前扣除等。因此，双方需咨询专业税务人士意见，确保税务处理合规，避免因税务问题而引发法律风险。

综上所述，分公司代总公司付款在法律上是可行的，但前提是必须满足一系列条件，包括得到总公司授权、款项来源正当、符合税务法规等。为确保操作的合法性和规范性，建议总公司和分公司签订详细的代付协议，并严格遵循财务和税务规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。