关于“上班迟到扣除公休是否合法”的问题，这主要取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，并且是否得到了劳动者的同意。以下是对此问题的详细分析：
一、结论前置
- 若规章制度合法且合理，且劳动者事先知晓并同意：迟到扣除公休可能被视为合法。
- 若规章制度存在不合法或不合理之处，或劳动者未事先同意：迟到扣除公休则可能构成违法。
二、不合法的情形
在以下情况下，迟到扣除公休可能被视为不合法：
规章制度未履行民主程序：
- 用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若未经此程序，迟到扣公休的规定即不合法。
规章制度未公示告知：
- 用人单位需将直接涉及劳动者切身利益的规章制度公示或告知劳动者。若未进行公示或告知，劳动者可能并不知晓该规定，迟到扣公休因此不能作为处理依据。
扣公休时间显失公平：
- 若迟到几分钟即被扣除较长时间的公休，如迟到5分钟扣1小时公休，这种规定明显加重了劳动者的责任，违反了公平原则，应认定为不合法。
侵犯劳动者休息权：
- 劳动者享有休息休假的权利。若因迟到而过度扣减公休时间，导致劳动者无法保证基本休息，即侵犯了劳动者的休息权，属于不合法行为。
三、合法的情形
在以下情况下，迟到扣除公休可能被视为合法：
合法依规制定并告知：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，同时规定的迟到扣公休内容合理，未违反法律法规的强制性规定和公平原则，则该规定可被视为合法。
劳动者事先同意：
- 如果劳动者在入职时或在工作过程中，自愿与用人单位达成协议，同意迟到时用公休时间来抵偿，并且该协议不存在欺诈、胁迫等情形，那么迟到扣公休也可能是合法的。但这种情况需要明确的书面协议等证据来证明劳动者的自愿性。
四、实际应用中的建议
- 对于用人单位：应确保规章制度的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并及时公示告知劳动者。同时，应尽量避免因迟到而过度扣减劳动者的公休时间，以免侵犯劳动者的合法权益。
- 对于劳动者：应了解自身权益，关注用人单位的规章制度，并在必要时寻求劳动监察部门或劳动仲裁机构的帮助。如果认为用人单位的规章制度存在不合法或不合理之处，可以依法提出异议并维护自己的合法权益。
综上所述，上班迟到扣除公休是否合法需综合考虑多个因素。在实际应用中，应根据具体情况进行判断和处理。如果你对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。