是的，工程款支付证书如果盖的是假章，通常是无法完成备案的。下面我来详细解释一下这个问题：

在建设工程领域，工程款支付证书是工程款项支付的重要依据，它证明了工程款的支付情况和支付金额。这份证书通常需要加盖相关单位的公章或财务专用章，以确保其真实性和合法性。

如果工程款支付证书上加盖的是假章，那么这份证书就失去了其法律效力。因为假章无法代表相关单位的真实意愿和授权，所以无法被认可和接受。在备案过程中，相关部门会对工程款支付证书进行严格的审核，包括对其上的公章或财务专用章进行真伪鉴别。一旦发现是假章，备案申请就会被拒绝。

此外，盖假章的行为还可能涉及法律责任。根据相关法律法规，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，都可能构成犯罪，需要承担刑事责任。因此，建议相关单位和个人在办理工程款支付证书时，务必确保所使用的印章是真实、合法的。

综上所述，工程款支付证书如果盖的是假章，是无法完成备案的。如果你在这方面遇到了问题，或者有任何其他关于合同纠纷、经济纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。