当股东阻止召开股东会时，首先需要明确的是，股东会的召集和召开应当遵循公司章程的规定以及相关法律法规。针对这一问题，以下是我的详细解答：
确认股东会召集程序的合法性：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会会议的召集应当提前通知全体股东，并遵循公司章程中约定的通知期限。如果召集程序本身存在瑕疵，那么股东有权拒绝参加，并可能导致会议无效。
- 因此，首先需要检查股东会的召集程序是否合法，包括通知时间、通知方式、会议议题等是否符合公司章程和法律规定。
股东拒绝参会的处理方式：
- 如果股东会召集程序合法，但股东仍然拒绝参会，那么根据公司章程的规定，该股东可能被视为放弃在该会议上的表决权。
- 对于重大事项的决策，只要满足法律和章程规定的参会表决权比例，决议依然有效。即使拒绝参会的股东持有较大份额的表决权，也不会影响决议的通过。
书面催告与违约责任：
- 如果股东长期拒绝参会且影响到公司的正常运营，公司可以通过书面催告的方式再次通知股东，并告知其缺席的后果。
- 在必要时，公司还可以根据章程和法律追究股东的违约责任，以保障公司治理的正常进行。这包括但不限于要求股东承担因缺席会议而导致的公司损失。
特殊情况的考虑：
- 如果股东拒绝参会是因为对公司经营有重大异议或担忧，建议公司管理层与股东进行沟通，了解其具体诉求，并尝试寻求解决方案。
- 在某些极端情况下，如果股东的行为严重损害了公司和其他股东的利益，公司可以考虑通过法律途径来维护自身的合法权益。
综上所述，当股东阻止召开股东会时，公司应当首先确认股东会召集程序的合法性，并根据公司章程和相关法律法规来处理股东的拒绝参会行为。如果股东长期拒绝参会且影响到公司的正常运营，公司可以采取相应的法律措施来维护自身的权益。同时，也建议公司管理层与股东保持沟通，以寻求更好的解决方案。