公积金公司按最低标准缴纳是否合法，这个问题需要根据具体情况来分析，主要涉及到员工的实际工资水平与当地规定的最低缴存基数之间的关系，以及公司是否遵循了相关法律法规。

首先，从法律依据来看，《住房公积金管理条例》第十六条明确规定，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资与规定的缴存比例来确定。这意味着，公积金的缴存基数原则上应为职工的实际工资。

接下来，我们分两种情况讨论：

1. 合法情形：

   • 当员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数时，单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。例如，若当地最低缴存基数为2000元，员工月工资为1800元，那么单位按2000元为基数缴纳公积金就是合法的。

2. 不合法情形：

   • 如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但单位却统一按最低标准缴纳，这就违反了《住房公积金管理条例》的规定。例如，员工上一年度月平均工资为8000元，而单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳，这种做法显然是不合法的，因为它没有按照员工的实际工资水平来合理确定缴存基数。

此外，还需要注意的是，即使按最低标准缴纳在法律上可能合法，公司也应考虑员工的实际需求和利益，尽可能提高缴存水平。这不仅有助于增强员工的归属感和忠诚度，还能提升公司的整体形象和竞争力。

最后，如果劳动者认为单位缴纳的公积金不符合规定，首先应尝试与单位沟通协商，要求调整缴存基数。协商不成时，可以向当地住房公积金管理中心投诉举报，由管理中心责令单位限期改正；逾期不改的，单位还可能面临罚款等法律后果。

综上所述，公积金公司按最低标准缴纳的合法性取决于员工的实际工资水平与当地最低缴存基数的关系以及公司是否遵循了相关法律法规。公司应遵守相关规定，合理确定缴存基数，以保障员工的合法权益并促进自身长远发展。