药品没收违法所得的计算，根据具体情况和法律法规的规定，可能有所不同。以下是根据相关法律法规和律师见解整理的详细解答：

结论前置

药品没收违法所得的计算主要依据《药品管理法》、《药品管理法实施条例》以及《行政处罚法》的相关规定，并需结合具体案件情况来确定。

详细解答

1. 一般情况下的计算：

   • 根据原国家食品药品监督管理局《关于〈药品管理法〉〈药品管理法实施条例〉“违法所得”问题的批复》（国食药监法[2007]74号），一般情况下，《药品管理法》、《药品管理法实施条例》中的“违法所得”是指“实施违法行为的全部经营收入”。
   • 这意味着，在一般情况下，药品案件的违法所得是按照实施违法行为的全部经营收入来计算的，不扣除合法成本或税收。

2. 特定情况下的计算：

   • 对于《药品管理法实施条例》第七十五条（2019年第二次修订后仍为第七十五条）规定的特定情况，即药品经营企业、医疗机构未违反《药品管理法》和本条例的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或者使用的药品是假药、劣药的，其违法所得的计算有所不同。
   • 在这种情况下，违法所得是按照售出价格与购入价格的差价来计算的。这是因为这些企业或个人无主观违法恶意，适用惩罚性处罚手段显失公平。

3. 新《行政处罚法》实施后的计算：

   • 根据2021年7月15日起施行的《行政处罚法》第二十八条第二款规定，违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。
   • 对于新《行政处罚法》实施后的违法行为，违法所得的计算按照新法的规定处理，即违法所得按照实施违法行为所取得的款项全部计算，不再适用差价计算法。
   • 如果违法行为从2021年7月15日之前持续或继续到2021年7月15日之后，则按照新《行政处罚法》的规定计算违法所得。实践中也有分段计算的做法，但倾向于全部按照新法计算违法所得。

4. 排除应退赔的部分：

   • 不论以何种方式计算违法所得，都应当排除应退赔的部分。根据《行政处罚法》的相关规定，当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。

总结

综上所述，药品没收违法所得的计算需根据具体情况和法律法规的规定来确定。在一般情况下，违法所得是按照实施违法行为的全部经营收入来计算的；在特定情况下，如《药品管理法实施条例》第七十五条规定的情形，违法所得是按照售出价格与购入价格的差价来计算的；对于新《行政处罚法》实施后的违法行为，则按照新法的规定计算违法所得。同时，应排除应退赔的部分。如有具体案件或疑问，建议直接向我咨询以获取更准确的法律意见。