在商事仲裁中，可以追加总公司为被申请人。具体分析如下：

在商事仲裁程序里，被申请人存在申请追加被申请人的可能性。通常而言，若有证据表明存在必须共同进行仲裁的当事人，例如总公司与分公司之间存在直接的关联，且这种关联对仲裁案件的审理和裁决有实质性影响，那么被申请人可依据相关规定，向仲裁机构提出追加申请。这一申请需遵循既定的程序与要求，详细阐明追加的理由及相关事实依据。

仲裁机构会对该申请进行审慎审查，考量追加是否符合法定条件、是否会对仲裁程序的公正与效率产生实质性影响等因素。若经审查认定追加申请合理合法，仲裁机构将予以批准，从而将被追加的主体（如总公司）纳入仲裁程序，以保障各方当事人的合法权益及仲裁程序的全面、准确推进。

因此，如果你在商事仲裁中认为有必要追加总公司为被申请人，建议尽快与仲裁机构沟通，并按照仲裁规则的要求提交相应的申请和证据材料。