合同违反了金融法，仲裁条款是否有效，需依据具体情况判断。一般而言，仲裁条款具有独立性，合同无效不影响其效力；但在某些特殊情况下，仲裁条款也可能被视为无效。以下是对此问题的详细分析：
仲裁条款独立性原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百零七条及《中华人民共和国仲裁法》第十九条第一款的规定，合同中有关解决争议方法的条款（即仲裁条款）具有独立性。这意味着，即使合同因主体不适格、意思表示不真实等原因被认定无效，双方当事人选择通过仲裁解决纠纷的合意依然有效。
特殊情况下的仲裁条款效力：
- 合同整体无效导致的仲裁条款无效：如果合同因违反了法律的强制性规定或者公序良俗等导致整体无效，且该无效性直接关联到仲裁条款的合法性或可执行性，那么仲裁条款通常也会被视为无效。
- 仲裁条款本身的无效情形：根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条，仲裁条款在约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、由无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立、或者一方采取胁迫手段迫使对方订立等情形下无效。
- 部分无效合同中的仲裁条款效力：如果合同的无效仅仅是因为部分条款的违法或不当而导致的部分无效，而仲裁条款本身没有违反法律规定，那么仲裁条款仍然有效。
金融法背景下的特殊考虑：
- 在金融法领域，合同可能因违反金融监管规定、金融交易规则或金融市场准入条件等而被认定无效。在这种情况下，需要特别关注仲裁条款是否与这些金融法规的强制性规定相冲突。如果仲裁条款的约定违反了金融法规的强制性规定，或者其执行可能会损害金融市场的公共利益，那么该仲裁条款也可能被视为无效。
综上所述，合同违反了金融法时，仲裁条款的效力需根据具体情况进行综合判断。如果仲裁条款本身合法有效，且没有与金融法规的强制性规定相冲突，那么它通常仍然具有效力。然而，在特殊情况下，如合同整体无效或仲裁条款本身存在法定无效情形时，仲裁条款也可能被视为无效。因此，在涉及金融合同的纠纷中，建议当事人及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。