针对“工资不超过5000微信发放是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、微信发放工资的合法性

首先，微信作为一种电子支付方式，在双方协商同意的前提下，用于发放工资是合法的。无论是工资超过5000元还是不超过5000元，只要用人单位和劳动者双方达成一致，并且确保工资的发放符合相关法律法规的规定，那么通过微信发放工资就是合法的。

二、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》：该法第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。虽然这一条款并未明确提及电子支付方式，但也没有排除其合法性。因此，微信作为电子支付方式之一，在符合相关法律法规的前提下，是可以用于发放工资的。

2. 《劳动争议调解仲裁法》：该法第三十九条规定，当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。这意味着，只要微信发工资的证据真实有效，且双方协商同意，那么仲裁庭在处理劳动争议时，会将微信记录作为认定事实的根据。

三、注意事项

尽管微信发放工资在双方协商同意的前提下是合法的，但在实际操作中仍需注意以下几点：

1. 确保双方协商同意：用人单位应与劳动者明确沟通，确保双方对通过微信发放工资达成一致意见。

2. 保留好相关证据：用人单位应妥善保存微信发工资的记录，包括转账凭证、聊天记录等，以备不时之需。

3. 注意证据的真实性和完整性：由于微信记录可能面临被篡改或删除的风险，因此用人单位应确保微信记录的真实性和完整性，以便在劳动争议发生时能够作为有效证据。

综上所述，工资不超过5000元通过微信发放是合法的，但前提是双方协商同意，并且用人单位应确保相关证据的真实性和完整性。同时，用人单位也应遵守相关法律法规的规定，确保工资的发放符合法律要求。