机动车排放检验机构违法所得的判定标准，主要依据的是生态环境部和国家市场监督管理总局联合印发的《关于机动车排放检验机构伪造排放检验结果或出具虚假排放检验报告情节严重判定标准的意见》，以及《大气污染防治法》的相关规定。

首先，我们要明确的是，机动车排放检验机构如果伪造排放检验结果或出具虚假排放检验报告，那么其违法所得将被县级以上人民政府生态环境主管部门没收，并处以十万元以上五十万元以下的罚款。这是《大气污染防治法》第一百一十二条第一款的明确规定。

那么，如何判定“情节严重”呢？《判定标准》给出了明确的五种情形：

1. 构成犯罪，被依法追究刑事责任的：这主要是指比如OBD造假等虚假检测可能涉及《刑法》的“破坏计算机信息系统罪”或“提供虚假证明文件罪”。
2. 2年内因伪造机动车排放检验结果或出具虚假排放检验报告受过1次行政处罚，又伪造机动车排放检验结果或出具虚假排放检验报告的：这种情形表明机构有重复违法的行为，应当被视为情节严重。
3. 伪造机动车排放检验结果或出具虚假排放检验报告涉及10辆以上车辆的：这种情形表明机构的违法行为涉及面较广，对环境和社会的影响较大。
4. 造成重大环境影响或社会影响的：这种情形是指机构的违法行为已经产生了实质性的严重后果，必须予以严厉打击。
5. 其他依法应当认定为情节严重的情形：这是一个兜底条款，用于涵盖其他可能被视为情节严重的情形。

对于符合上述情节严重情形的机动车排放检验机构，生态环境主管部门将依法严格处罚，市场监督管理部门将依法取消其检验资格。

总的来说，机动车排放检验机构违法所得的判定标准是一个综合考量了多种因素的复杂体系，既包括了对违法行为的直接打击，也考虑了对环境和社会的保护。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。