交通机关对未取得资格的网约车处罚5000元，不属于重大违法行为的行政处罚。具体分析如下：

根据《网络预约出租汽车经营服务管理暂行办法》的相关规定，对于网约车平台公司提供服务的车辆未取得《网络预约出租汽车运输证》，或者线上提供服务车辆与线下实际提供服务车辆不一致，以及提供服务驾驶员未取得《网络预约出租汽车驾驶员证》等违法行为，由县级以上出租汽车行政主管部门和价格主管部门按照职责责令改正，并对每次违法行为处以相应罚款。具体罚款标准根据违法行为的严重程度分为两档：一般违法行为处以5000元以上10000元以下罚款；情节严重的违法行为处以10000元以上30000元以下罚款。

在本题中，交通机关对未取得资格的网约车处罚5000元，这一处罚金额位于上述规定的一般违法行为罚款范围内，因此并不属于重大违法行为的行政处罚。重大违法行为的行政处罚通常指的是情节严重、社会影响恶劣、造成严重后果的违法行为所受到的更为严厉的处罚，如吊销许可证、停业整顿等。

综上所述，交通机关对未取得资格的网约车处罚5000元，属于对一般违法行为的行政处罚，而非重大违法行为的行政处罚。如有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。