针对您提出的“股东制有限公司被员工违法侵占怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，无论是股东还是员工，任何形式的违法侵占公司财产都是不被允许的，且必须受到相应的法律制裁。当公司发现股东或员工存在违法侵占行为时，应采取以下步骤来处理：

一、收集证据

这是处理此类问题的第一步，也是至关重要的一步。您需要收集所有可能的证据，以证明该员工（或股东）确实存在违法侵占公司财产的行为。这些证据可能包括但不限于：

• 公司财务报表和交易记录，这些可以显示资金流动和异常交易；
• 监控录像、电子邮件、聊天记录等，这些可能揭示侵占行为的细节；
• 其他员工的证言或举报，他们可能目睹或了解侵占行为的发生。

二、内部处理

在收集到充分证据后，您可以尝试通过内部途径解决问题。这包括：

• 与涉事员工（或股东）进行面对面沟通，了解其动机和背景，并要求其退还侵占的财物；
• 如果涉事员工（或股东）愿意配合并退还财物，您可以根据公司的规章制度和实际情况决定是否继续追究其责任；
• 如果内部沟通无果，或者涉事员工（或股东）拒绝退还财物，那么您需要考虑采取更进一步的法律措施。

三、法律途径

当内部处理无法解决问题时，您可以考虑通过以下法律途径来维护公司的权益：

• 向公安机关报案，由公安机关进行侦查并移交检察院审查起诉。这是处理职务侵占等犯罪行为的常见途径；
• 如果符合刑事自诉的条件，您也可以直接向法院提起刑事自诉，要求追究涉事员工（或股东）的刑事责任；
• 同时，您还可以单独提起民事诉讼，要求涉事员工（或股东）返还财产并赔偿因此给公司造成的损失。

在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，遵循法律程序，确保公司的权益得到最大程度的保护。同时，也建议您加强公司的内部管理和监督，预防类似事件的再次发生。