关于员工司机开车时违章了应该由谁承担的问题，这需要根据具体情况来进行分析。以下是不同情境下的责任归属说明：

1. 员工执行工作任务期间违章：

   • 若员工司机是在执行公司安排的工作任务过程中发生违章行为，且该行为并非出于故意或重大过失，那么一般由公司承担责任。因为此时员工是代表公司履行职务行为，公司对员工的职务行为负责。例如，员工按照公司要求驾车送货途中因合理原因导致的轻微超速，这种情况下的违章责任应由公司承担。
   • 但是，如果员工在执行工作任务时故意或重大过失导致违章，虽然初始责任由公司承担，但公司有权在承担罚款等损失后向员工进行追偿。

2. 员工非执行工作任务期间违章：

   • 若员工开车并非为了执行公司任务，而是出于个人目的（如下班后私自用车），则违章责任应由员工个人承担。此时的行为与公司业务活动无关，员工需自行接受交通管理部门的处罚并承担相应经济损失。

3. 公司管理责任：

   • 如果公司存在管理不当，如未对驾驶员进行充分的交通安全教育或明知驾驶员有不良驾驶习惯而未采取措施防止违章，公司可能需承担一定的管理责任。这种责任的划分需根据具体案情和法律规定进行细致分析。

4. 特殊情况下的责任归属：

   • 如果公司明确要求驾驶员违章行驶或停车，导致记分或罚款，公司应给予驾驶员必要的金额补偿，因为驾驶员是遵守公司指示行事。
   • 对于难以明确区分是否属于工作任务期间，或车辆产权归属不清晰等复杂情况，应综合行车记录、任务安排文件、车辆使用登记记录等证据来判定责任归属。

综上所述，员工司机开车时违章的责任归属问题需根据具体情况进行综合判断。如果无法确定责任归属或存在争议，建议双方积极收集相关证据，并通过法律途径进行解决。同时，公司和驾驶员也应加强交通安全教育和管理，明确各自的权利和义务，建立健全的车辆使用和管理制度，以减少违章行为的发生和降低法律风险。