特别没收程序不能没收合法财产。这是正确的，特别没收程序是针对犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡案件中的违法所得进行没收的特殊程序，它并不涉及对合法财产的没收。

详细来说，特别没收程序有以下几个关键特点，这些特点也说明了它为何不能没收合法财产：

1. 针对对象特定：特别没收程序仅针对“违法所得”进行没收，即犯罪嫌疑人、被告人通过犯罪活动所获得的财物。它并不涉及对犯罪嫌疑人、被告人的其他合法财产进行处置。

2. 程序独立性：该程序并不依附于普通的刑事诉讼程序，也不涉及对犯罪嫌疑人、被告人的刑事定罪和量刑。它是一个独立的诉讼活动，旨在追回因犯罪活动而产生的违法所得。

3. 证据要求严格：检察机关在启动特别没收程序前，需要认真审查证据，确保所申请没收的资产确实属于违法所得。如果证据不足或不能充分证明资产属于违法所得，则不能启动该程序。

4. 保护合法权益：在特别没收程序中，法律也充分保护了犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人的合法权益。如果他们对检察机关的申请提出异议，人民法院会依法进行审理，并作出公正的裁定。

综上所述，特别没收程序是一个针对违法所得进行没收的特殊程序，它严格遵循法律的规定，确保只没收违法所得，而不涉及对合法财产的处置。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。