不能判决总包单位配合施工单位办理竣工验收。下面我将从法律角度和实际操作层面为您详细解释这一结论。

法律角度

1. 竣工验收的主动权：

   • 竣工验收是施工单位在认为建设工程合格并具备竣工验收条件后，向监理及建设单位提交的竣工验收申请报告。这是施工单位的义务，同时也是其专有的权利。《建设工程质量管理条例》明确规定，建设工程竣工验收应当具备的条件之一包括“施工单位签署质量合格文件”。

2. 不适于强制履行的债务：

   • 申请竣工验收涉及施工单位对建设工程质量的主观判断，并意味着其将承担建设工程使用过程中因质量引发的安全责任。因此，法律不强人所难，将“施工单位申请竣工验收”视为不适于强制履行的债务。

3. 司法实践的支持：

   • 在司法实践中，如果建设单位认为建设工程具备竣工验收条件，而施工单位不申请竣工验收，建设单位通常不能诉请法院判决并强制执行。这是因为竣工验收的主动权在施工单位，且涉及施工单位的专业判断和责任承担。

实际操作层面

1. 协商与沟通：

   • 在实际操作中，如果总包单位（施工单位）不配合办理竣工验收，发包人可以尝试通过协商与沟通的方式解决问题。双方可以就竣工验收的条件、程序、时间等进行深入讨论，并寻求共识。

2. 寻求法律救济：

   • 如果协商无果，发包人可以依法向人民法院提起诉讼，要求施工单位承担因不配合办理竣工验收而产生的违约责任或赔偿责任。但需要注意的是，诉讼结果并不能直接强制施工单位进行竣工验收，而是通过法律手段维护发包人的合法权益。

3. 其他救济途径：

   • 除了诉讼外，发包人还可以考虑通过仲裁、调解等其他救济途径解决与施工单位的纠纷。这些途径通常更加灵活、高效，有助于双方快速达成和解并解决问题。

综上所述，不能判决总包单位配合施工单位办理竣工验收。在实际操作中，发包人应通过协商、沟通、法律救济等途径解决与施工单位之间的纠纷。如果您在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。