公司补充协议书不得对抗第三人的法条主要源于《公司法》及相关法律规定，其核心在于保护交易安全和第三人的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

1. 《公司法》的相关规定：

   • 《公司法》虽然未直接规定“补充协议书不得对抗第三人”，但其中关于公司登记、公示、以及公司章程对第三人效力的规定，间接体现了这一原则。例如，公司章程的修改需要及时备案，且不得对抗善意第三人。这一规定虽针对公司章程，但同样适用于公司与其他主体签订的补充协议书，即如果补充协议书的内容未经过合法公示或备案，且第三人对此不知情，则该补充协议书不能对抗该善意第三人。

2. 《民法典》的相关规定：

   • 根据《民法典》关于合同效力的规定，如果公司与其他主体签订的补充协议书违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），则该补充协议书自始无效，自然也不能对抗第三人。
   • 同时，《民法典》还规定了善意取得制度，即如果第三人善意地、以合理的价格取得了与公司相关的财产或权益，且该财产或权益已经完成了公示（如登记、交付等），则公司不能以补充协议书为由对抗该善意第三人。

3. 实践中的应用：

   • 在公司实务中，补充协议书通常用于对原合同进行补充、修改或解释。然而，如果补充协议书的内容涉及到第三人的权益，且未经过第三人的同意或知情，那么该补充协议书在法律上可能无法对第三人产生约束力。
   • 因此，公司在签订补充协议书时，应当谨慎考虑第三人的权益，确保补充协议书的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且已经过了合法的公示或备案程序。

综上所述，公司补充协议书不得对抗第三人的法条原则主要源于《公司法》及《民法典》的相关规定。在实践中，公司应当严格遵守这些规定，确保补充协议书的合法性和有效性，以维护交易安全和第三人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。